Mustafalı Köyü, İznik ilçesine bağlı en eski köylerden biridir. Köy halkının köklü ve büyük Türk boyu Avşarlardan olduğu söyleniyor. Köyde kabri bulunan ve devrin ilim merkezlerinden biri olan Buhara'dan geldiği rivayet edilen Mustafa Dede adlı erenin köyü kurduğu ve köye adını verdiği söylenmektedir.

Köy, İznik'in güney batısında, İznik gölü'nün güneyinde yer alır. İlçe merkezine 16 km. uzaklıktadır. Köyün batısında Müşküle Köyü doğusunda ise Göllüce köyü bulunmaktadır.

Köyün doğusunda bulunan Okçular ile batısındaki Sarnıçlar mevkilerinde eski yerleşim kalıntıları bulunmaktadır. Köyün güneydoğusunda bulunan Nişli Kaya'da, Bizans döneminden kalma yazı ve kabartmalar bulunmaktadır.

Bursa-İznik karayoluna 3 km'lik bir tali yol ile bağlıdır.

Köy, 1325 hicri 1927 miladi tarihli hüdavendigar vileyeti salnamesinde 50 hane olarak kayıtlıdır.