Mustafalı Köyü, İznik-Bursa karayolunun güneyinde bulunur ve karayoluna 3 km'lik tali yol ile bağlanmaktadır. İl merkezine 73 km, ilçe merkezine 16 km uzaklıktadır.

Köyün doğusunda Göllüce Köyü ve batısında Müşküle Köyü, kuzeyinde İznik Gölü bulunmaktadır. İl ve ilçe merkezlerine ulaşım İznik Taşıyıcılar Kooperatifi'nin her yarım saatte bir İznik-Bursa ve Bursa-İznik seferleriyle kalkan araçlarıyla sağlanmaktadır.